Es gab einen Bergpriester im Funakata-Gebirge in der Miyagi-Region im Jahr 1569. Sein Name war Unryu. Er stammte aus der Familie Abe und war ein Experte in Taijutsu, Bojutsu und Shuriken des Amatsu Tatara Rinpo Hiden.

Die geheimen Schriftrollen des Amatsu Tatara sind die höchsten traditionellen Lehren für die Kontrolle der Kampfkunst und der Religion. Diese Schriftrollen blieben in der Familie Nakatomi, Ohtomo, Mononobe und Abe. Die Abe-Familie nannte die Schriftrollen „Amatsu Tatara Rinpo Hiden“ und gab sie an die nächsten Generationen weiter.

Der berühmte Kampfkünstler Ito Ki-i No Kami Suketada wurde von Unryu unterrichtet. Suketada gründete eine neue Ryu-Ha, Kenko Ryu. Er war als Experte für Sojutsu (Speertechniken) sehr bekannt. Im Jahr 1645 wurde Takagi Oriemon Shigenobu von Ito Suketada ab dem Alter von 16 Jahren unterrichtet. Oriemon war ein Samurai von Katakura Kojuro in der Fukushima-Region. Mit 20 Jahren erhielt er von Ito den Rang eines Menkyo Kaiden (höchster Rang und nächste Generation). Oriemon systematisierte eine neue Ryu-Ha namens „Takagi Yoshin Ryu Taijutsu“. Oriemon wurde am 2. April 1625 geboren und starb am 7. Oktober 1711, aber dies ist nicht klar.

Im Jahr 1671 studierte Takagi Umanosuke Shigesada ab dem Alter von 16 Jahren bei Oriemon und erhielt den Rang eines Menkyo Kaiden. Er unterrichtete seine Schüler in „Takagi Yoshin Ryu Daken-Taijutsu, Bojutsu, Sojutsu, Naginatajutsu und Senban Nage“. Im Jahr 1695 wurde Umanosuke von der Regierung des Kaisers als hochrangiger Kampfkünstler anerkannt. Er starb am 26. April 1746.

Gennoshin Hideshige war ein Sohn von Umanosuke. Gennoshin war sehr geschickt und stark in Daken-Taijutsu und änderte den Namen zu „Takagi Yoshin Ryu Jujutsu“. Er unterrichtete in der Präfektur Hyogo und starb am 2. Oktober 1702.

Ohkuni Onihei Shigenobu war ein Experte des Kukishin Ryu. Er war als Gast in Gennoshins Dojo und unterrichtete Kukishin Ryu für Gennoshins Schüler. Da Gennoshin schwer erkrankt war, bat er Onihei darum, die nächste Generation von Takagi Yoshin Ryu zu erhalten, und starb. Eine andere Geschichte besagt, dass Onihei und Gennoshin entschieden haben, welches Ryu-Ha für Jujutsu und Bojutsu besser war. Das Ergebnis war, dass Oniheis Bojutsu (Kukishin Ryu) besser war und Gennoshins Jujutsu (Takagi Yoshin Ryu) besser als das andere war. Deshalb blieb Jujutsu als Takagi Yoshin Ryu und Bojutsu als Kukishin Ryu mit Naginatajutsu und Sojutsu bestehen. Ohkuni Onihei war jedenfalls der vierte Generation Großmeister beider Ryu-Ha und nannte diese Ryu-Ha „Hontai Takagi Yoshin Ryu“ und „Hontai Kukishin Ryu“.

Im Oktober 1841 eröffnete der 13. Generation Großmeister Yagi Ikugoro Hisayoshi, ein pensionierter Samurai aus der Burg Akoh (Präfektur Hyogo), ein Dojo des Takagi Yoshin Ryu in Akashi, Hyogo. Er gab den Meistern Fujita, Ishibashi und Ishitani Takeo Masatsugu den Rang eines Menkyo Kaiden. Fujitas Nachfolger war Mizuta Yoshitaro Tadafusa. Ishibashi hatte keine Schüler. Ishitani hatte einen Sohn namens Ishitani Matsutaro Takakage, der seine Nachfolge antrat. Matsutaro wurde auch von Akiyama Yotaro in Kukishin Ryu und Shinden Tatara Ryu unterrichtet und erhielt dafür den Rang eines Menkyo Kaiden.

Von 1903 bis 1911 wurde Takamatsu Toshitsugu Yokuoh von Ishitani Matsutaro und Mizuta Yoshitaro unterrichtet und erhielt die nächste Generation.

Im Juni 1952 wurde Sato Kinbei Kiyoaki von Takamatsu als 17. Generation der Ishitani-Linie des Takagi Yoshin Ryu und Kukishin Ryu unterrichtet.

Im November 1989 wurde Tanemura Tsunehisa Minamoto no Shoto von Sato zum 18. Generation Großmeister (Soke) beider Ryu-Ha unterrichtet und ernannt.

Hinweis: Hontai Yoshin Ryu (Fumon Yoshin Ryu) hat zwar die gleiche Abstammung, praktiziert jedoch völlig andere Techniken als das Hontai Takagi Yoshin Ryu.