Ninjutsu, oft als die Kampfkunst der Ninja assoziiert, hat eine lange und komplexe Geschichte. Ein Hauptzweig dieser Kampfkunst hat sich durch das Bujinkan-System von Dr. Masaaki Hatsumi entwickelt, der als einer der bedeutendsten Bewahrer und Weitergeber der Ninjutsu-Traditionen gilt.

Dr. Masaaki Hatsumi war ein Schüler von Toshitsugu Takamatsu, einem berühmten Kampfkünstler, der behauptete, die authentischen Ninja-Traditionen zu bewahren. Nach Takamatsus Tod im Jahr 1972 erbte Hatsumi die Führung und das Wissen über neun traditionelle Ryu (Schulen), einschließlich der Togakure Ryu, die oft mit Ninjutsu in Verbindung gebracht wird. Hatsumi gründete das Bujinkan Dojo und begann, dieses Wissen weltweit zu verbreiten.
 
Einige seiner Schüler gründeten später ihre eigenen Organisationen und Stilrichtungen, die auf den Lehren basieren, die sie von Hatsumi erhalten hatten. Diese Abspaltungen umfassen:
 
Genbukan Ninpo Bugei: Gegründet von Shoto Tanemura, einem ehemaligen Schüler von Hatsumi, legt dieser Verband einen Schwerpunkt auf die Bewahrung und Weitergabe der traditionellen Ninja- und Samurai-Ausbildung.
 
Jissen Kobudo Jinenkan: Gegründet von Fumio Manaka, einem weiteren ehemaligen Schüler Hatsumis, konzentriert sich dieser Verband auf die praktische Anwendung der alten Kampfkunsttechniken.
 
Toshindo: Gegründet von Stephen K. Hayes, einem amerikanischen Martial-Artist, der in den 1970er Jahren nach Japan ging, um bei Hatsumi zu trainieren. Hayes brachte Ninjutsu in die Vereinigten Staaten und entwickelte seine eigene Interpretation dieser Kunst, das To-Shin Do.
 
World Hiden Ninpo Bugei Federation (N.E.F) Ninjutsu Europa Federation: Von Thorsten Ritz ehemaligen Schüler von Tsunehisa Shoto Tanemura und Guy Aerts. Heute Schüler von Masaaki Ikebe. 
 
Alle diese Organisationen behaupten, die authentischen Traditionen und Techniken des Ninjutsu zu bewahren und weiterzugeben, wobei jede ihre eigene Interpretation und ihren eigenen Schwerpunkt hat. Es ist jedoch wichtig zu beachten, dass die Geschichte der Ninja von vielen Geheimnissen und Mythen umgeben ist, und es gibt Diskussionen über die Authentizität und die historische Genauigkeit der überlieferten Techniken und Traditionen.